Väčšina chránených území je na lesnom pôdnom fonde. Roky pretrvávajú konflikty medzi lesníkmi a ochranou prírody. Paradoxom je, že novela zákona o ochrane prírody i novela zákona o lesoch zhoršujú situáciu v oblasti ochrany prírody a trvalo-udržateľného užívania nášho prírodného bohatstva. Namiesto hľadania spoločných riešení , štát na jednej strane poslušne prijíma „bruselské" regulácie a na druhej strane ich bezohľadne obchádza.
Ak by sa udeľovala kategória „Kyslá malina" za neuveriteľné prehrešky voči ochrane prírody, tak Slovensko by bolo vážnym kandidátom na prvé miesto prakticky v každej kategórií. Istotne nemožno uprieť snahu odborných pracovísk, výnimočne miestnej samosprávy, či mimovládnych organizácií v oblasti ochrany prírody. Na druhej strane štát v zastúpení svojich výkonných orgánov nivočí túto krajinu rôznymi výnimkami z ochrany prírody a laxnými vyjadreniami v procesoch posudzovania vplyvov na životné prostredie. Naša sieť chránených a cenných území dáva ohromný potenciál pre cestovný, prírode blízky, turizmus. Nie som zástancom štátnych dotácií, ale v súčasnosti sú do systému zavedené. Pri lepšie nastavenej dotačnej politike v poľnohospodárstve a krajinotvorbe by bolo možné realizovať ekologický manažment územia a poľnohospodársku činnosť podporiť na princípoch eko fariem. Motiváciou malých a stredných podnikateľov by bolo možné vykonávať trvalo-udržateľné poľnohospodárstvo aj v chránených územiach NATURA 2000.
Systém zákazov namiesto motivácie a hrdosti k prírodným hodnotám vedie skôr k diskusiám a snahám o prehodnotenie siete európsky chránených území NATURA 2000. Na Slovensku sa z ochrany prírody stáva nepriateľ a vinník sociálno-ekonomického úpadku nášho vidieka. V roku 2008 z celkového počtu 2920 obcí SR identifikovalo strety záujmov 481 obcí a z toho 125 obcí spresnilo aj plánované podnikateľské aktivity v dotknutých lokalitách.
Doteraz využívaný finančný mechanizmus na odškodňovanie, resp. kompenzáciu náhrad za obmedzené užívanie je diskutabilný a nefunkčný. Je potrebné vykonať podrobnú analýzu jeho efektivity. Ochrana prírody nie je luxus, ale nevyhnutná podmienka zdravej spoločnosti. Je potrebné zaviesť opatrenia, ktoré by motivovali vlastníkov pôdy v chránených územiach poznať potenciál, ktorý vlastnia a aby dostali impulz užívať svoje vlastníctvo v súlade s pravidlami ochrany prírody a krajiny. Správnym nastavením legislatívy dať podnet, aby vlastník pôdy či lesa nevidel len hodnotu nevyrúbanej drevnej hmoty a obmedzenia v zástavbe pozemku, ale aby vnímal hodnotu svojho majetku aj cez iný pohľad.
Hlavné nástroje sú územný plán, lesné a hospodárske plány, procesy hodnotenia SEA a EIA, Programy starostlivosti o les a o chránené územia. V nich treba jasne definovať priority a možnosti užívania pozemkov vlastníkmi.
Natura 2000 je názov sústavy chránených území členských krajín Európskej únie a hlavným cieľom jej vytvorenia je zachovanie prírodného dedičstva, ktoré je významné nielen pre príslušný členský štát, ale najmä pre EÚ ako celok. Táto sústava chránených území má zabezpečiť ochranu najvzácnejších a najviac ohrozených druhov voľne rastúcich rastlín, voľne žijúcich živočíchov a prírodných biotopov vyskytujúcich sa na území štátov Európskej únie a prostredníctvom ochrany týchto druhov a biotopov zabezpečiť zachovanie biologickej rôznorodosti v celej Európskej únii. Významné chránené územia pokrývajú 18,6 % celkovej plochy Európskej únie. Táto plocha zahŕňa 27 221 lokalít. Slovensko sa z tohto počtu podieľa 514 lokalitami s celkovou výmerou 14 448.26 km2, čo je 29,58v % územia Slovenska.
